У Сектору за заштиту природе обављају се послови који се односе на израду стратешких докумената у области заштите природе и биодиверзитета, одрживог коришћења природних ресурса и добара, као и планова и програма у области заштите природе; учешће у припреми стручних основа за израду прописа из делокруга рада Сектора; имплементацију међународних конвенција, споразума, закона и других прописа везаних за заштиту природе и заштиту животне средине у другим секторима; заштиту природе и очување биодиверзитета; заштиту, очување, унапређење и управљање заштићеним подручјима и еколошком мрежом; обезбеђивање примене начела одрживог развоја, политике заштите животне средине и борбе против климатских промена приликом израде и утврђивања докумената развојног планирања и докумената секторских јавних политика; спровођење Оквирне конвенције УН о промени климе и пратећих протокола; праћење, извештавање и координација активности на испуњењу обавеза које проистичу из чланства у Оквирној конвенцији УН о промени климе и пратећих протокола; праћење и координација активности у складу са активностима ЕУ у области климатских промена; израду стратешких докумената у области климатских промена; учешће у процесима који су у вези са стручним усавршавањем државних службеника; обављају се и други послови из ове области.
У Сектору за заштиту природе образују се уже унутрашње јединице:
- Одељење за заштићена подручја, геодиверзитет, еколошку мрежу и издавње услова заштите природе
- Одељење за биодиверзитет
- Одељење за климатске промене
- Група за заштиту земљишта