U Sektoru za zaštitu prirode obavljaju se poslovi koji se odnose na izradu strateških dokumenata u oblasti zaštite prirode i biodiverziteta, održivog korišćenja prirodnih resursa i dobara, kao i planova i programa u oblasti zaštite prirode; učešće u pripremi stručnih osnova za izradu propisa iz delokruga rada Sektora; implementaciju međunarodnih konvencija, sporazuma, zakona i drugih propisa vezanih za zaštitu prirode i zaštitu životne sredine u drugim sektorima; zaštitu prirode i očuvanje biodiverziteta; zaštitu, očuvanje, unapređenje i upravljanje zaštićenim područjima i ekološkom mrežom; obezbeđivanje primene načela održivog razvoja, politike zaštite životne sredine i borbe protiv klimatskih promena prilikom izrade i utvrđivanja dokumenata razvojnog planiranja i dokumenata sektorskih javnih politika; sprovođenje Okvirne konvencije UN o promeni klime i pratećih protokola; praćenje, izveštavanje i koordinacija aktivnosti na ispunjenju obaveza koje proističu iz članstva u Okvirnoj konvenciji UN o promeni klime i pratećih protokola; praćenje i koordinacija aktivnosti u skladu sa aktivnostima EU u oblasti klimatskih promena; izradu strateških dokumenata u oblasti klimatskih promena; učešće u procesima koji su u vezi sa stručnim usavršavanjem državnih službenika; obavljaju se i drugi poslovi iz ove oblasti.
U Sektoru za zaštitu prirode obrazuju se uže unutrašnje jedinice:
- Odeljenje za zaštićena područja, geodiverzitet, ekološku mrežu i izdavnje uslova zaštite prirode
- Odeljenje za biodiverzitet
- Odeljenje za klimatske promene
- Grupa za zaštitu zemljišta