Za obavljanje poslova iz delokruga Ministarstva zaštite životne sredine obrazuju se sledeće osnovne unutrašnje jedinice:

• Sektor za finansijsko upravljanje i kontrolu
• Sektor za upravljanje životnom sredinom
• Sektor za zaštitu prirode i klimatske promene
• Sektor za strateško planiranje i projekte
• Sektor za upravljanje otpadom i otpadnim vodama
• Sektor za nadzor i predostrožnost u životnoj sredini
• Sektor za međunarodnu saradnju i evropske integracije

POSEBNE UNUTRAŠNJE JEDINICE

• Sekretarijat Ministarstva
• Kabinet Ministra
• Odsek za upravne i upravno-nadzorne poslove
• Grupa za internu reviziju