За обављање послова из делокруга Министарства заштите животне средине образују се следеће
ОСНОВНЕ УНУТРАШЊЕ ЈЕДИНИЦЕ:
- Сектор за управљање животном средином
- Сектор за заштиту природе
- Сектор за управљање квалитетом ваздуха, буком и сарадњу са цивилним друштвом
- Сектор за планирање и спровођење инфраструктурних пројеката из области заштите животне средине
- Сектор за међународну сарадњу
- Сектор за управљање отпадом, отпадним водама и успостављање циркуларне економије
- Сектор за надзор и превентивно деловање у животнoj средини
ПОСЕБНЕ УНУТРАШЊЕ ЈЕДИНИЦЕ
- Посебна унутрашња јединица - Секретаријат Министарства
- Уже унутрашње јединице изван састава сектора: Одељење за нормативне послове, хармонизацију прописа, управне и управно - надзорне послове у области заштите животне средине и Група за интерну ревизију
ОРГАНИ УПРАВЕ
Орган управе у саставу Министарства је Агенција за заштиту животне средине