У Секретаријату Министарства обављају се послови од заједничког интереса за Министарство који се односе на: кадровскe, информатичке, опште и правне послове, усклађивање рада унутрашњих јединица, сарадњу са другим органима, као и други послови из делокруга Секретаријата.

У Секретаријату Министарства образују се следеће уже унутрашње јединице:
1. Одељење за правне, кадровске и опште послове
2. Група за информационе технологије