Odeljenje za kontrolu postupanja sa otpadom obavlja poslove koji se odnose na: inspekcijski nadzor u oblasti kontrole postupanja sa opasnim i ostalim otpadom, ambalažom i ambalažnim otpadom u skladu sa Zakonom o upravljanju otpadom i Zakonom o ambalaži i ambalažnom otpadu; inspekcijski nadzor u cilju utvrđivanja ispunjenosti uslova zaštite životne sredine za obavljanje delatnosti upravljanja posebnim tokovima otpada; inspekcijski nadzor u cilju utvrđivanja ispunjenosti uslova zaštite životne sredine za prekogranično kretanje otpada; inspekcijski nadzor u cilju utvrđivanja ispunjenosti uslova za dodelu podsticajnih sredstava, međunarodnu saradnju vezanu za inspekcijski nadzor prekograničnog kretanja otpada, u okviru međunarodnih mreža (IMPEL i ECENA); međunarodnu saradnju vezanu za inspekcijski nadzor primene i sprovođenja Bazelske konvencije; iniciranje i rukovođenje formiranjem jedinstvene baze podataka operatera koji postupaju sa opasnim i ostalim otpadom, ambalažom i ambalažnim otpadom, sa sistemom za praćenje stepena usaglašenosti sa važećom zakonskom regulativom iz oblasti zaštite životne sredine; iniciranje razvoja sistema za edukaciju i pružanje informacija operaterima koji postupaju sa opasnim i drugim otpadom i operaterima koji upravljaju ambalažnim otpadom u procesu usaglašavanja sa postojećom zakonskom regulativom iz oblasti zaštite životne sredine; obavlja i druge poslove iz ove oblasti.