За обављање послова из делокруга Министарства заштите животне средине образују се следеће основне унутрашње јединице:
- Сектор за финансијско управљање и контролу
- Сектор за управљање животном средином
- Сектор за заштиту природе, ваздуха и озонског омотача
- Сектор за међународну сарадњу, пројекте и климатске промене
- Сектор за управљање отпадом и отпадним водама
- Сектор за надзор и превентивно деловање у животнoj средини
ПОСЕБНЕ УНУТРАШЊЕ ЈЕДИНИЦЕ
- Секретаријат Министарства
- Кабинет Министра
- Одсек за управне и управно-надзорне послове
- Група за интерну ревизију